首先，在菌種使用方面，微生物接種劑使用的菌種主要是圓褐固氮菌、巨大芽孢桿菌及根際促生菌芽孢桿菌和假孢菌。但這類菌種基本上沒有發(fā)酵的功能。其次，在生產(chǎn)工藝上有所不同。生物有機肥料還沒有國家、行業(yè)或地方標準，農(nóng)業(yè)生物肥料質(zhì)量監(jiān)督檢驗測試中心正組織有關(guān)專家進行生物有機肥料標準的制定工作。企業(yè)要生產(chǎn)，應(yīng)先制定企業(yè)標準作為產(chǎn)品生產(chǎn)和質(zhì)量檢驗的依據(jù)。建議企業(yè)在制定標準時，把活菌數(shù)定為≥0.2億個/克，有機質(zhì)≥35%。

菌根是自然界中一種普遍的植物共生現(xiàn)象，是土壤中的菌根菌絲與高等植物營養(yǎng)根系形成的一種聯(lián)合體。共生從植物體內(nèi)獲取必要的碳水化合物及其他營養(yǎng)物質(zhì)，而植物也從那里得到所需的營養(yǎng)和水分等，從而達到一種互利互助的高度統(tǒng)一的聯(lián)合體。研究表明95％的植物根部都有共生的蹤跡，菌根能促進作物的生長發(fā)育，提高作物的產(chǎn)量、品質(zhì)在許多試驗中已得到證實。建立一個以作物——菌根共生體為中心的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)體系不僅能增加農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的效益，而且是建立可持續(xù)的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)體系的途徑之一。

現(xiàn)科學已能確認植物與微生物間不可分離的共生關(guān)系。植物根部分泌物質(zhì)來供應(yīng)微生物的需求，同時微生物也生產(chǎn)各種不同物質(zhì)來回報植物體，兩者實際上乃是共生的伙伴。要使植物生長茂盛，除了水分、養(yǎng)分之外，足夠的有益微生物乃是最重要的必要前提。

菌類的生物肥不僅在協(xié)助作物吸收磷、鋅及銅等礦質(zhì)元素方面有很強的作用，還有增強作物的吸水、保水以提高作物抗旱能力的作用。由于生物肥料能制造和協(xié)助作物吸收利用多種營養(yǎng)元素，因此對農(nóng)產(chǎn)品的品質(zhì)有很大的改善，可以改變因施化肥產(chǎn)生的“瓜不香，果不甜，茶無味”的現(xiàn)狀，使農(nóng)產(chǎn)品各項指標達到綠色食品的標準。從生物肥料的作用方式可以了解到。