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生殖器皰疹約85%～90%由2型單純皰疹病毒(HSV-2)引起，10%～15%由1型單純皰疹病毒(HSV-1)引起。HSV是一種DNA病毒，核心為線狀雙鏈DNA，分子量為160×10Da，其外為一立體對稱20面體的蛋白質衣殼，由162個殼粒所組成。
衣殼外是脂質被膜。HSV基因組編碼病毒特異的核心蛋白及結構蛋白，包括存在于病毒表面的糖蛋白，它們能誘導機體產生中和抗體。兩型HSV相關糖蛋白中除HSV-1的gC和HSV-2的gG具有特異性抗原決定簇外，其它結構基本相似，所產生的抗體在型間有交叉反應性。HSV基因組還編碼非結構蛋白，如胸苷激酶(TK)、DNK聚合酶等，它們對病毒的復制是很重要的。由于這些病毒酶不同于細胞酶，一些能選擇性抑制病毒酶的抗病毒yw如阿昔洛韋，就是據此而研制出來的。
原發(fā)性生殖器皰疹都是通過與皰疹病毒感染者通過做愛直接接觸感染，HSV經過皮膚黏膜輕微的擦傷或裂口侵入上皮細胞，并在其中復制、繁殖，引起細胞的氣球變性及壞死，炎性細胞的浸潤等炎癥反應，并刺激機體的免疫反應。侵入機體的病毒沿外周感覺神經向上進入脊髓背根的感覺或運動神經節(jié)，建立潛伏感染，潛伏感染是生殖器皰疹復發(fā)的根源。潛伏病毒的jh與病毒的胸苷激酶等和機體的免疫與非免疫因素有關。潛伏的病毒受jh后，沿周圍神經軸索下行至皮膚和黏膜，引起復發(fā)。