未來，我國生物燃料產(chǎn)業(yè)發(fā)展將面臨以下4大挑戰(zhàn)：
（1）原料資源基礎(chǔ)仍然薄弱。實際剩余可用邊際土地資源潛力不清，缺乏科學(xué)評價和規(guī)劃；原料植物的選育栽培和規(guī)模種植經(jīng)營技術(shù)、產(chǎn)業(yè)和管理體系有待完善；原料資源來源多樣、品質(zhì)不一。
?。?）技術(shù)產(chǎn)業(yè)發(fā)展水平不高。技術(shù)工藝水平較為落后；資源利用和環(huán)境保護(hù)水平不高；缺乏符合國內(nèi)原料特點的整套技術(shù)工藝和裝備；第二代
生物燃料技術(shù)離工業(yè)化生產(chǎn)還有較大差距；產(chǎn)業(yè)模式仍不成熟，有待于建立與“三農(nóng)”和現(xiàn)代林業(yè)和諧發(fā)展的產(chǎn)業(yè)模式;可持續(xù)生產(chǎn)技術(shù)規(guī)范和模式尚未建立，仍有待于開展良種選育及混交林營建技術(shù)等研究，制定保障高能效、高減排的技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)和規(guī)范。
（3）缺乏競爭力和抗風(fēng)險能力。原料成本居高不下甚至還有所攀高；規(guī)模經(jīng)濟(jì)、范圍經(jīng)濟(jì)和資源綜合利用效益偏低；經(jīng)濟(jì)競爭力較弱，存在較大市場風(fēng)險。
?。?）扶持政策和市場環(huán)境不完善。非糧
生物燃料的市場準(zhǔn)入和產(chǎn)品流通體系不通暢，無法進(jìn)入車用成品油經(jīng)銷體系和終端消費(fèi)市場；行業(yè)監(jiān)管薄弱，存在社會、經(jīng)濟(jì)和自然生態(tài)風(fēng)險；扶持價格和財稅政策不完善；產(chǎn)品推廣使用市場環(huán)境不健全，各項基礎(chǔ)設(shè)施不完善，封閉區(qū)域強(qiáng)制使用制度影響跨地區(qū)車輛使用性能；指定企業(yè)在特定封閉區(qū)域銷售影響公平競爭。
