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自然開缸法是不添加硝化菌的，依靠水體里自然存在的硝化菌慢慢繁殖。這種方法的缺點(diǎn)是硝化系統(tǒng)建立較慢，一般需要30-45天才可以完善。現(xiàn)在比較流行使用硝化菌制劑來加速開缸，有資料表明使用硝化菌開缸比自然開缸法的速度要快很多，硝化菌的添加對(duì)于快速建立硝化系統(tǒng)是很有幫助的。
選用硝化菌制劑時(shí)一定要注意生產(chǎn)日期，干粉硝化菌是通過冷凍干燥技術(shù)將硝化菌干燥后分散于粉狀基質(zhì)中制成的，故保存時(shí)間較長(zhǎng)可以1-2年。液體硝化菌保存時(shí)間短，建議選用半年之內(nèi)生產(chǎn)的。
另外還要注意不能使用臭的液體硝化菌，因?yàn)橄趸苿┰谏a(chǎn)時(shí)，菌液里不能含有能引起異營菌分解的有機(jī)物的，否則瓶封中的空氣將很快被耗絕，而形成厭氣狀態(tài)產(chǎn)生硫化氫，這就是有的硝化菌會(huì)臭的原因，這種臭硝化菌里實(shí)際已無硝化菌，而是已經(jīng)fubai了的高濃度營養(yǎng)液，這樣的東西倒魚缸里，會(huì)使魚缸的水富營養(yǎng)化，xijun會(huì)瘋長(zhǎng)，俗稱“暴菌”，所以水會(huì)極度混濁。
